این بخش کلیدیترین و مهمترین بخش دانشکده میباشد و سنگینترین و وسیعترین وظایف مرتبط با دانشجویان را دارا میباشد. در واقع تمامی امور آموزشی دانشکده با مسئولیت معاونت آموزشی صورت میگیرد:
برنامهریزیهای آموزشی برای ارتقای سطح کمی و کیفی آموزش در دانشکده.
ارائه خدمات هر چه بهتر آموزشی به دانشجویان.
بررسی گزارشهای مدیران گروههای آموزشی و نظارت بر کار آنها.
کلیه امور آموزشی- پژوهشی مرتبط با دستیاران دورههای تخصصی و Ph.D.دانشکده
این معاونت دارای تعامل با بخشهای مختلف داخل و خارج از دانشکده میباشد.
بیشترین مکاتبات معاونت آموزشی دانشکده، با معاونت آموزشی دانشگاه میباشد.
یکی از قسمتهای مهم معاونت آموزشی دانشگاه، اداره کل آموزش و تحصیلات تکمیلی است که معاونت آموزشی دانشکده با این قسمت نیز دارای ارتباط مکاتبات فراوانی میباشد و امور مربوط به فارغالتحصیلی دانشجویان و برنامهریزیهای متعدد آموزشی که در طول سال صورت میگیرد، با هماهنگی این اداره است.
معاونت آموزشی دانشکده در رابطه با استخدام، ارتقا و ترفیع سالانه اعضای هیات علمی با معاونت آموزشی دانشگاه هماهنگیهای لازم را انجام میدهد.
مرکز EDC(Education Development Center)دانشگاه که وظیفه ارتقای سطح کیفی آموزش در دانشگاه را عهده دار است، از دیگر بخشهایی است که در دانشگاه با معاونت آموزشی دانشکده ارتباط نزدیک دارد.
معاونت آموزشی دانشکده در وزارت بهداشت، عمدتاً با دبیرخانه شورای آموزش داروسازی و تخصصی هماهنگ است. کلیه مکاتبات با این دبیرخانه، و سایر بخشهای وزارتی اعم از ارتباط با مقام محترم وزارت، معاونت آموزشی یا معاونت دانشجویی وزارتخانه، از طریق دانشگاه انجام میشود و دانشکده در این موارد مستقیماً عمل نمیکند.
در موارد خاص، معاونت آموزشی با مراکزی مانند معاونت آموزشی دانشکدههای داروسازی کشور و یا معاونت غذا و داروی دانشگاهها (جهت صدور گواهیها و معرفینامهها برای دانشجویان) و کتابخانههای مراکز آموزش عالی مستقر در تهران، نظیر پژوهشگاه پلیمر، کتابخانه دانشکده داروسازی دانشگاه تهران یا دانشگاه شهید بهشتی نیز ارتباط دارد.
